「深更（しんこう）」は、
夜の深（ふ）けたること、
夜更け、
の意であり（大言海）、
深夜、
のことである（広辞苑）。
月明深夜古樓中（元稹）、
とか
樓鼓辨深更（曹伯啓）、
などと詩にあるように、
深夜、
も
深更、
も漢語である（字源）。
「更」（漢音コウ、呉音キョウ）は、
会意。丙は股（もも）が両側に張り出したさま。更は、もと「丙＋攴（動詞の記号）」で、たるんだものを強く両側に張って、引き締めることを示す、
とある（漢字源）。
「更」は、
「㪅」の略字、
とあり（https://okjiten.jp/kanji1319.html）、また、
𠭍、
とともに、異字体ともある（https://ja.wiktionary.org/wiki/%E6%9B%B4）ので、その意味がよくわかる。
（「更」 金文・殷 https://ja.wiktionary.org/wiki/%E6%9B%B4より）
別に、
会意文字です（丙+攴）。「重ねた台座」の象形と「ボクッという音を表す擬声語と右手の象形」(「手で打つ」の意味)から、台を重ねて圧力を加え固め平らにする事を意味し、そこから、「さらに（重ねて）」、「あらためる」、「かえる」を意味する「更」という漢字が成り立ちました、
とある（https://okjiten.jp/kanji1319.html）ように、「更」は、「更新」「更改」というように、「変わる」「改まる」という意であり、「変更」「更代（＝交代）」というように、「代わる」である。
（「更」 成り立ち https://okjiten.jp/kanji1319.htmlより）
しかし、「更」には、
初惠遠以山中不知更漏、乃取銅葉製器（唐國史補）、
とある、
「更漏」（こうろう）というように、
時を報ずる漏刻（みずどけい）、
の意があり（字源）、
更は、漏刻のかはる義、字典「因時變易刻漏曰更」、
とある（大言海）。「刻漏」とは「漏刻」の意である。それが「變易」すること、つまり変わることを「更」というとある。これは、中国にて、
一夜を、五つに分くる称、
の謂いであり、
初更、又一更、甲夜（こうや）は、午後八時、九時なり、
二更、又乙夜（いつや）は、十時、十一時なり、
三更、又丙夜（へいや）は、十二時、午前一時なり、
四更、又丁夜は、二時、三時なり、
五更、戊夜（ぼや）は、四時、五時なり、
とあるものの踏襲である。これを、
五夜（ごや）、
という（仝上）。また、
五更、
ともいい、
戊夜、
ともいう（仝上）。これを、
一夜五更、
というが、
漢魏以来、謂為甲夜、乙夜、丙夜、丁夜、戉夜、……亦云一更、二更、三更、四更、五更、皆以五為節（顔氏家訓）、
とある。ある意味、「更」は、夜全体を指しているので、「深更」は、その、
深まる夜、
の意でもある。「更」とは、
一更ごとに夜番が更代（交代）する義、
であり（日本大百科全書・精選版日本国語大辞典）、
午後7時ないし8時から、午前5時ないし6時に至るまで、順次2時間を単位に、
初更（甲夜、一鼓）、
二更（乙夜、二鼓）、
三更（丙夜、三鼓）、
四更（丁夜、四鼓）、
五更（戊（ぼ）夜、五鼓）、
と区切ったところから由来する（仝上）。
漏刻のかはる時（大言海）、
だから交替するのかもしれない。「漏刻」は、
管でつながった四つまたは三つの箱を階段上に並べ、いちばん上の箱に水を満たし、順に流下して最後の箱から流出する水を、浮箭（＝矢 ふせん）を浮かべた容器に受け、矢の高さから時刻を知る、
とあり（百科事典マイペディア・世界大百科事典）、
1昼夜48刻に分け、4刻を1時（とき。辰刻）にはかる、
とある（ブリタニカ国際大百科事典）。「漏」は、
計時用の漏壺を指し、
刻は、
時間の単位（1日は100刻が標準であるが、120刻、96刻、108刻とした時期があった）、
を意味する（仝上）、とある。日本の漏刻は、中国で発明・使用されたものを真似て、
斉明六年（660）中大兄皇子が製作したという所伝が初見。令制では陰陽寮に2人の漏刻博士があり、漏刻によって時刻をはかり、守辰丁（しんてい、ときもり）に鐘鼓を打たせて時を報じた、
とある（仝上）ので、一更、二更……を、一鼓、二鼓……と呼んだものと思われる。
（漏刻圖（桜井養仙『漏刻説』） http://www.kodokei.com/la_011_3.htmlより）
「更」を、
歴（れき）、
経（けい）、
ともいった（仝上）、とあるのは、漏刻の水の流れからきたものと思える。
さらに、各一更の時間を、
五等分して、その各分割を一点、二点、三点、四点、五点と称える。もちろん各点は、一更の五分の一に当たる時間帯になる、
とあり（広瀬秀雄『暦（日本史小百科）』）、「夜半」（http://ppnetwork.seesaa.net/article/482364862.html?1625688276）は、三更の中央（三更三点の中央）、
に当たる。詩文などで、「夜半」を言うのに、
三更、
というのは、この意味である。
ただ、
一更、二更、三更、四更、五更、
も、
一点、二点、三点、四点、五点、
も、時刻点を指す言葉ではなく、夜間を五等分した時間帯、をいうので、何時に当たるかには幅がある。特に、江戸時代貞享暦（じょうきょうれき）が使われる時代（1684年以降）は、夜間は、
日暮れから翌日の夜明けまで、
を指したが、江戸初期は、
日没から日出まで、
を指し、季節によって、日暮、夜明けの時刻は異なるので、「更」の長さも異なる。便宜上、日没から日出まで夜間とした、更点時間帯と現在の時刻制度とは、年間を通してかなり変動する。
（更点法と現在時刻 広瀬秀雄『暦（日本史小百科）』より）
で、例えば、現在の時刻で、一更は、
春秋は午後六時から八時半頃まで、夏は午後七時半から九時頃まで、冬は午後五時から七時半頃まで。戌（いぬ）の時、
二更は、
現在のおよそ午後九時から一一時頃。また、午後一〇時から午前零時頃、亥の刻、
三更は、
春は午後一〇時四〇分頃から零時五〇分頃まで、夏は午後一一時前頃から零時三〇分頃まで、秋は午後一〇時頃から零時三〇分頃まで、冬は午後一〇時二〇分頃から零時五〇分頃まで。子（ね）の刻、
四更は、
春は午前一時頃から三時頃まで、夏は午前零時半頃から二時すぎまで、秋は午前零時半頃から二時半すぎまで、冬は午前一時頃から三時すぎまで。丑（うし）の刻、
五更は、
春は午前三時頃から五時頃まで、夏は午前二時頃から四時頃まで、秋は午前二時半すぎから五時頃まで、冬は午前三時二〇分すぎから六時頃まで。寅の刻、
と、幅を持たせた時間帯になる（精選版日本国語大辞典）。
参考文献；
広瀬秀雄『暦（日本史小百科）』（近藤出版社）
大槻文彦『大言海』(冨山房)
藤堂明保他編『漢字源』(学習研究社)
ホームページ；http://ppnetwork.c.ooco.jp/index.htm
コトバの辞典；http://ppnetwork.c.ooco.jp/kotoba.htm#%E7%9B%AE%E6%AC%A1
スキル事典；http://ppnetwork.c.ooco.jp/skill.htm#%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%83%AB%E4%BA%8B%E5%85%B8
書評；http://ppnetwork.c.ooco.jp/critic3.htm#%E6%9B%B8%E8%A9%95
